Die Ptolemaios-Forschungsstelle wird seit 2017 von Dr. Heiner Rohner geleitet.
Vormalig wurde sie von folgenden Personen geleitet:
- Prof. (em.) Dr. Alfred Stückelberger, Leiter 1999–2009 (Institut für Klass. Philologie)
- Prof. Dr. Gerd Graßhoff, Co-Leiter 2000–2009 (Institut für Philosophie, jetzt in Berlin)
- Dr. Florian Mittenhuber, Vize-Leiter 2005–2009, Leiter 2009–2017 (vormals Institut für Klass. Philologie, jetzt Handschriftenkurator der Burgerbibliothek Bern)
